Merenkurkun saariston maailmanperintöalueen hallintoa koordinoi Metsähallituksen Pohjanmaan luontopalvelut. Neuvottelukunnan tehtävänä on yhteen sovittaa ja koordinoida viranomaisten, kuntien, muiden organisaatioiden ja maanomistajien toimintaa, joka koskee Merenkurkun maailmanperintökohteen hoitoa ja tunnetuksi tekemistä.

Neuvottelukunnan tehtävät
1) Laatia alueen hallinto- ja kehityssuunnitelma.
2) Seurata ja edistää hallinto- ja kehityssuunnitelman toteuttamista.
3) Ylläpitää ja edistää yhteyksiä Korkea Rannikkoon ja muihin pohjoismaisiin maailmanperintökohteisiin.
4) Tehdä Merenkurkun saariston maailmanperintöaluetta tunnetuksi alueella, kansallisesti ja kansainvälisesti.
5) Sopia työnjaosta eri osapuolten kesken esimerkiksi perustamalla eri teemaryhmiä.
6) Seurata monipuolisesti alueen geologista, ekologista, taloudellista ja sosiaalista kehitystä.
7) Seurata, että hakemusvaiheessa viranomaisten ja kuntien yhteisesti antamaa aiesopimusta noudatetaan maailmanperintöalueen hallinnoinnissa ja kehittämisessä.

Neuvottelukunnan jäsenet
Neuvottelukunnan puheenjohtajana toimii maakuntajohtaja Olav Jern Pohjanmaan liitosta ja sihteerinä Nina Överholm Metsähallitukselta. Neuvottelukunnalla on yhteensä 26 jäsentä eri tahoista. Oikeassa reunassa olevan linkin takaa löytyy tahot ja jäsenten nimet.

Neuvottelukunta on asettanut monta työryhmää, joiden tehtävät ovat esimerkiksi markkinointi, infra-struktuuri, maankäyttö ja yhteistyö Korkea Rannikon kanssa.

Neuvottelukunnan sihteeristö
Maailmanperintöneuvottelukunnalla on sihteeristö, johon kuuluu henkilöstöä viranomaisilta. Sihteeristön tehtävä on valmistella neuvottelukunnan kokoukset.

Seuraavat henkilöt kuuluvat sihteeristöön:
Olav Jern, Pohjanmaan liitto
Pertti Sevola, Etelä-Pohjanmaan ELY-keskus
Leena Rinkineva-Kantola, Etelä-Pohjanmaan ELY-keskus
Olli Breilin, Geologinen tutkimuskeskus
Rurik Ahlberg, Mustasaaren kunta
Kari Hallantie, Metsähallitus
Susanna Ollqvist, Metsähallitus
Nina Överholm, Metsähallitus